Şu an için iki Milis Linux masaüstü sistemi arasında wayvnc uygulaması üzerinden uzak masaüstü bağlantısı sağlanmaktadır. Milis Linux 2.1 kullandığı Wlroots tabanlı pencere yöneticisinden dolayı her VNC uygulaması destekleyememektedir. Bağlantı için wayvnc uygulaması kurulmalıdır.
# sunucu / bağlanılacak Milis Linux tarafı
wayvnc adres port
# istemci / bağlanacak Milis Linux tarafı
wlvncc sunucu_adres port
Port erişimi için bağlanılacak makinanın port erişiminin açık olması gerekmektedir. Ayrıca bağlantı şifresiz olarak direk açılmaktadır. Güvenli bağlantı için SSH ile port yönelendirmesi yapılarak bağlantı kurulması tavsiye edilmektedir.