Milis Linux ilk sürümlerinden itibaren masaüstü ortamı olarak kararlı, sade ve az kaynak tüketimine sahip ortamları tercih etmiştir. Milis 1.0 ve 2.0 sürümlerinde bu tercih XFCE4'ten yana kullanılmış ve varsayılan masaüstü ortamı olarak yer almıştır. Fakat 2.1 sürümünde artık Wayland grafik sunucusu kullanılmaya başlandığı için masaüstü ortamı da yeniden gözden geçirildi. Bu noktada Wayland desteği olan ve talepleri karşılayan bir masaüstü ortamı araştırıldı. Wayland yapısının Xorg dan farklı olması nedeniyle hazır bir masaüstü ortamı yerine Wayland destekli pencere yöneticileri taban alınarak kendi masaüstü ortamının oluşturulmasına karar verilmiştir. Bunun için farklı pencere yöneticilerini destekleyecek masaüstü yapılandırması geliştirilmiştir. Ayrıca bu sayede son kullanıcı için daha iyi bir masaüstü ortamının araştırılıp geliştirilmesi sağlanacaktır.
Aşağıda masaüstü ortamının içerdiği bileşenler ve varsayılan olarak kullanılan uygulamalar yer almaktadır. Bu uygulamalar zamanla kullanıcı dostu ve sağladığı işlevsellik yönünde değişebilir.
Masaüstü ortamının ayarları sistem canlı imaj ile ilk açıldığında yapılır. Giriş yöneticisinde kullanıcı giriş yaptıktan sonra Milis'in masaüstü ayarları iç edilir ve çalıştırılır. Bu ayarların atanması dinit betiği tarafından .config/masa.ini ayar dosyası ile yapılır. Bu dosya içinde yer alan ilgili ayar sekmeleri elle veya ayar merkezi yardımıyla düzenlenebilir. Bu ayarlar imaj üretilirken /etc/skel altında gelir ve kullanıcı .config dizini altına gerekli kontroller yapılarak kopyalanır. Bu ayarların kontrolü her oturum açıldığında yapılmaktadır. Kullanıcı masaüstü ayarlarını varsayılan ayarlara döndürmek için ilgili ayar dizini silinerek oturum yeniden başlatılır.