steps to reproduce:
git init
touch a-file
git add a-file
git commit -m 'initial outer'
mkdir sub-git-dir
cd sub-git-dir
touch a-file
git init
git add a-file
git commit -m 'initial inner'
cd ..
git add --all
git commit -m 'add sub-git-dir'
mkdir sub-git-dir2
cd sub-git-dir2
touch a-file
git init
git add a-file
git commit -m 'initial inner'
cd ..
echo '*' > ./.gitignore
echo '!sub-git-dir2' >> ./.gitignore
git add --all
git commit -m 'add sub-git-dir2'
git push gogs-instance